بیشتر گیاهان مفید شناخته شده را رده بندی می کردند. اساس این فکر مربوط به دو نفر از علمای یونان( تئوفراست و دیسکورید) بود که به خواص بعضی از گیاهان پی بردند. ارسطو و مخصوصا ً شاگردش تئوفراست سعی داشتند علم گیاه شناسی را از سر حد طب جلوتر ببرند.
به همین جهت تئوفراست را پدر علم گیاه شناسی می دانند، این دانشمند صدها گونه و چندین خانواده را بر مبنای پدیده های زیستی و به ویژه تغذیه رده بندی کرده است. برخی دیگر گیاهان را به درخت، درخجه و علف تقسیم بندی می کردند و از این نوع طبقه بندی ها نیز تا قرن 18 قابل قبول از عهد رنسانس گیاه شناسی مدرن شروع می شود. ( 1852- فلورانس) گیاهان را از روی دانه طبقه بندی کرد.
جان ری دانشمند انگلیسی( 1703- 1656) از روی تعداد لپه های دانه طبقه بندی خود را پایه گذارده است. این دانشمند تک لپه ایها و دو لپه ایها را تشخیص داد. تورنفورت استاد باغ شاه پاریس( 1708- 1656) کلمه جنس و مفهوم آن را به طور مدرن بیان کرد و بیش از 1800 جنس را تعریف و تشخیص داد.
این گیاه شناس جنسها را در تیره ها قرار داد و اغلب تیره های مشهور امروزی را شناسایی نموده بود بالاخره رده های بزرگ گیاهان نظیر پیوسته گلبرگان، جدا گلبرگان و بی گلبرگان امروزی را مشخص نموده است ولی این دانشمند نیز گیاهان را به سه گروه درخت، درخچه و علف تقسیم کرد. شارل لین( 1778-1707) را می توان پدر علوم طبیعی جدید دانست. این دانشمند سوئدی سر تا سر اروپا را مسافرت نمود و با دانشمندان متعدد آشنا شده در رده بندی مصنوعی خود را که با به کار بردن تعداد و مشخصات پرچم ها تهیه نمود بود منتشر کرد. با وجود اینکه اینکار او بعد ها مورد قبول واقع نشود و خود نیز به اشتباهش پی برده بود لیکن کارها ارزنده این دانشمند تا به امروز اهمیت خود را حفظ نموده اند.
بزرگترین آثار لینه کتابهای Species Plantarum وGenera Plantarum است که در اولی کلیه گونه ها و در دومی کلیه جنسهای گیاهی که تا آن زمان شناخته شده بود، شرح داده است، این دانشمند برای اولین بار مفهوم مدرن گونه را بیان کرد و بیش از 8000 گونه تعریف و اسم گذاری نمود.
گونه های مزبور که اکنون به نام گونه های لینه ای خوانده می شوند، منحصرا ً بر روی مشخصات مرفولوژی تعریف شده اند لیکن به قدری این دانشمند در خویشاوندی گیاهان تیز بین بوده که اغلب گونه های مزبور، امروزه نیز قابل قبول بوده و اساس و پایه طبقه بندی های امروزی را تشکیل می دهند. همجنین اسم گذاری دو کلمه ای و خواص تخمدان فوقانی و تخمدان تحتانی گل را در علم رده بندی گیاهی وارد نموده است که تا به امروز اهمیت خود را حفظ نموده است.طبقه بندی طبیعیبرای اولین بار طبقه بندی طبیعی گیاهان به وسیله A.L.dejussieu . انجام گرفته است .در طبقه بندی طبیعی گروه هایی در گیاهان را انتخاب می نمایند که ما بین خود شباهت های عمیق دارند.
صفات انتخابی از مجموعه مشخصات اندامهای گیاهان رده و در این طبقه بندیها سعی می شود که تصویر طبیعت را نشان دهند. دوژوسیو به همراهی برنادودوژوسیو اساس طبقه بندی طبیعی را بنا نهاده اند. این دو دانشمند در اوایل قرن نوزدهم میلادی گونه های یک صد تیره را در راسته ها و رده های بزرگ جای دادند.Brown دانشمند انگلیسی توانست بازدانگان را از نهاندانگان تشخیص بدهد. دوکاندول دانشمند اهل ژنو که در شهر مونپلیه استاد گیاه شناس بود گیاهان آوندی را از گیاهان بدون آوند تشخیص داد. این دانشمند از رده بندی دوژوسیو پیروی نموده است. در قرن 19و20 در اثر کشفیات گیاه شناسی رده بندی گیاهان کامل تر گردید و دانشمندان زیادی در این زمینه فعالیت داشتند.
از آن جمله می توان از Endlicher ،Bentham ،Hooker ،Sache ،Brongniavt و غیره نام برد.
به طور کلی چنانکه که قبلاً اشاره شد در طبقه بندی طبیعی گونه های نزدیک به هم را در یک جنس و جنس هایی که دارای یک عده صفت مشترک هستند در یک تیره قرار می دهند. در تیره می توان زیر تیره و طایفه تشخیص داد. تیره هایی که دارای یک عده صفت مشترک هستند در یک راسته قرار می دهند و راسته های شبیه به هم را در زیر رده و رده و زیر بخش و بخش گیاهان دانه دار تعلق دارد. بخش گیاهان دانه دار با بخش های نهانزادان آوندی و نهانزادان سلولی شاخه گیاهان محور دار یا گیاهان جنین دار را تشکیل می دهند که جزء زیر سلسله و سلسله گیاه محسوب می شوند. انتخاب صفات در طبقه بندی های طبیعی به طوری که گفتیم برای تعیین گونه ها وحتی جنس ها و تیره ها اغلب از مشخصات مرفولوژیکی استفاده می نمایند.
در برخی حالات مشخصات دستگاه رویشی مفید و دقیق می باشد. مثلاً طرز قرار گرفتن برگها مشخصات اندام های زایشی کمتر تغییری می نمایند و به نام صفات اصلی نامیده می شوند.
به طوری که می دانیم مکانیسم لقاح در کلیه نهاندانگان ثابت می ماند و با زیر شاخه های دیگر مانند بازدانگان و غیره متفاوت می باشند و استفاده از این امر گروه های بزرگ گیاهان را از همدیگر تشخیص می دهد. در عمل یک گونه و یا یک جنس را با چندین صفت تعریف می نمایند که به نام صفات اختصاصی نامیده می شوند. ارزش صفات نیز با همدیگر متفاوت هستند برخی مخصوص یک گونه و عده ای در گونه های مختلف یک تیره یا راسته یا طبقه وجود دارند یعنی تابع و وابسته به هم نامیده می شوند.
