پیش از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی در استان سیستان و بلوچستان فقط یک مدرسه عالی بهداشت در استان سیستان و بلوچستان وجود داشت که تحت نظر اداره کل آموزش و پرورش استان فعالیت می کرد .
پس از استقرار نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران مدرسه عالی بهداشت به سازمان منطقه ای بهداری استان سیستان و بلوچستان واگذار شد و با نام مجتمع آموزشی و پرورشی حضرت فاطمه زهرا (س) در چند رشته کاردانی مانند بهداشت خانواده و بهداشت مدارس اقدام به جذب دانشجو نمود.
در سال 1365 بر اساس تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی ، آموزش رشته های علوم پزشکی از وزارت فرهنگ و آموزش عالی منفک گردید و بر عهده وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی قرار گرفت و سازمان های منطقه ای بهداری استان ها به دانشگاه های علوم پزشکی تبدیل شدند
در استان سیستان و بلوچستان ، ریاست وقت سازمان منطقه ای بهداری استان (جناب آقای دکتر حسین علی شهریاری) طی درخواست شماره 8900 تاریخ 21/3/65 به وزیر محترم بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی جناب آقای دکتر مرندی تقاضای تاسیس دانشکده علوم پزشکی را در استان ارائه نمودند .
موضوع درخواست مورد موافقت اصولی وزیر محترم بهداشت و شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی قرار گرفت و با تاسیس دانشکده علوم پزشکی در استان موافقت شد .
با تاسیس دانشکده علوم پزشکی زاهدان در محل مجتمع آموزشی حضرت فاطمه زهرا (س) واقع در میدان مشاهیر زاهدان از مهرماه 1365 تعداد 50 نفر در رشته پزشکی و چند رشته کاردانی پذیرش و مشغول به تحصیل شدند .
موضوع تقاضای تاسیس دانشکده علوم پزشکی در استان سیستان و بلوچستان جهت کسب مجوز نهایی در تاریخ 26/8/1365 ابتدا در کمیته تخصصی پزشکی شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی مطرح و پس از موافقت کمیته تخصصی طبق بند 17 صورتجلسه کمیته ، موضوع در شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی در تاریخ 23/9/65 عنوان و طبق مفاد بند یک صورتجلسه با راه اندازی و تاسیس دانشکده علوم پزشکی زاهدان با هماهنگی دانشگاه علوم پزشکی مشهد موافقت بعمل آمد .
با توجه به عدم استقلال دانشکده و مشکلات عمده ای که وجود داشت ، مسئولین وقت درخواست تاسیس دانشگاه علوم پزشکی را ارائه نمودند که طبق « بند یک مصوبه مورخ 29/4/66 » شورای سیاست گذاری وزارت بهداشت و به استناد بند 11 مصوبات چهاردهمین نشست مورخ 12/7/1366 شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی ، وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی با تاسیس دانشگاه علوم پزشکی از مجموع رشته های موجود در استان سیستان و بلوچستان موافقت گردید و مراتب طی نامه شماره 13817/8 مورخ 29/7/1366 دفتر آقای دکتر مرندی وزیر محترم بهداشت، درمان و آموزش پزشکی وقت ابلاغ گردید و فصل جدیدی از توسعه و پیشرفت فراروی دانشگاه و همه مسئولین ، مدیران و کارکنان صدیق و زحمتکش قرار گرفت و آقای دکتر حسین علی شهریاری به عنوان اولین رئیس دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زاهدان منصوب گردید .
ستاد مرکزی دانشگاه علوم پزشکی و ریاست محترم دانشگاه و معاونین ایشان در ساختمان خیابان دکتر شریعتی و معاونت آموزشی و رشته های دایر در آن زمان در ساختمان میدان مشاهیر مستقر بودند .
بدلیل محدود بودن امکانات و فضاهای آموزشی تمام کلاس ها ، دفاتر و اداره آموزش ، کتابخانه مرکزی ، سلف سرویس ، آزمایشگاه بافت شناسی و آسیب شناسی و خوابگاه خواهران در ساختمان میدان مشاهیر استقرار یافتند .
تعداد رشته های دایر جمعاً 8 رشته شامل رشته پزشکی و 7 رشته کاردانی و تعداد اعضاء هیات علمی پایه و بالینی کمتر از 10 نفر بودند .
بیشتر مدرسین خصوصاً رشته پزشکی بصورت مدعو و پروازی از دانشگاه های علوم پزشکی تهران - شهید بهشتی و کرمان دعوت می شدند .
چارت تشکیلات دانشگاه در 2/4/1368 تصویب و ابلاغ گردید که این موضوع بسیاری از مشکلات را مرتفع نمود. احکام تمام کارکنانی که تا آن تاریخ هنوز بنام سازمان منطقه ای بهداری صادر می شد به عنوان دانشگاه علوم پزشکی صادر و تغییر وضعیت داده شد و بر اساس چارت دانشگاه مقدمات تاسیس دانشکده ها فراهم گردید .
با تاسیس دانشگاه علوم پزشکی سه معاونت دانشجویی و فرهنگی ، معاونت پژوهشی و معاونت آموزشی و واحدهای تابعه معاونت ها بشرح زیر کلیه امور رفاهی ، آموزشی ، پژوهشی و فرهنگی دانشجویان را عهده دار گردیدند .
تاسیس این دانشگاه باعث حضور مستمر مجموعه کاملی از متخصصان رشته های مختلف پزشکی به عنوان عضو هیئت علمی در زاهدان شد و این حاشیه اطمینان ، حضور دائم جمع دیگری از متخصصان رشته های فنی و مهندسی و بازرگانان تاثیرگذار در چرخه اقتصادی استان را به دنبال داشت
از جمله اساسی ترین اقدامات انجام شده در دانشگاه علوم پزشکی زاهدان توجه ویژه به نیازهای استان و استفاده از روش های ابتکاری و منطبق با واقعیت های اقتصادی ، فرهنگی ، اقلیمی و ... منطقه بوده است .
راه اندازی آموزشگاه های بهورزی در مراکز بخش ها ، ادغام خدمات اورژانس درنظام سلامت ، اجرای طرح هائی مانند سلامت یار ، بهورز یار ، ماما روستا ، ماما بهورز تنها بخشی از این اقدامات ابتکاری است .
با گسترش خدمات پزشکی در سراسر استان در سال 1381 دانشکده پرستاری و مامائی زابل تحت عنوان دانشکده علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زابل از دانشگاه زاهدان مستقل شد و در جریان سفر هیات محترم دولت به استان سیستان و بلوچستان در سال 1384 به دانشگاه علوم پزشکی زابل ارتقاء یافت و همچنان خدمات بهداشتی و درمانی را به مردم ارائه می دهد ، در سال 1372 شعبه ای از دانشکده پرستاری و مامائی زاهدان در شهرستان ایرانشهر افتتاح شد و شروع به فعالیت نمود این دانشکده با جذب امکانات ، اعتبارات و نیروی متخصص از دانشگاه علوم پزشکی زاهدان در سال 1392 مجزا شد و به دانشکده علوم پزشکی ایرانشهر ارتقاء یافت .
در چابهار نیز شعبه بین المللی دانشگاه با نام دانشگاه سینا راه اندازی شد که هم اکنون در حال جذب و آموزش به دانشجویان متقاضی است .
خوشبختانه با یاری دولت کریمه و نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران گام های انفجاری در جهت ارتقاء شاخص های سلامت در استان در حال برداشته شدن است وجود یک بیمارستان تیپ یک عالی / 7 بیمارستان تیپ یک و 3 بیمارستان تیپ دو در استان ، ساخت مراکز بهداشتی درمانی و خانه های بهداشت حتی در دور افتاده ترین نقاط استان شامل 64 مرکز بهداشتی درمانی شهری ، 95 مرکز روستائی ، 735 خانه بهداشت و 26 پایگاه بهداشتی در استان ، همه و همه نشان از توجه ویژه نظام به استان کمتر توسعه یافته سیستان و بلوچستان دارد و هدف غایی تلاش های شبانه روزی سامانه بهداشت و درمان استان بر این است که در سرتاسر استان خدمات پزشکی به صورت مطلوب به هم استانی ها ارائه شود تا نیازی به حضور در دیگر شهرهای کشور جهت انجام مداوا نباشد .
در هر حال یکی از مهمترین دلایل توسعه شتابناک استان سیستان و بلوچستان در زمینه های مختلف آموزشی ، فرهنگی ، اقتصادی ، در سال اخیر که باعث تیپ یک شدن دانشگاه شده است مدیون تلاش کسانی است که با حداقل امکانات موجود ، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان را تاسیس کرده و آن را به یکی از بزرگترین دانشگاه های علوم پزشکی کشور تبدیل نمودند .
مراکز تحقیقاتی:
- مرکز تحقیقات بیماری های عفونی و گرمسیری
- مرکز تحقیقات سلامت کودکان و نوجوانان
- مرکز تحقیقات سلولی و ملکولی
- مرکز تحقیقات ژنتیک و بیماری های غیرواگیر
- مرکز تحقیقات توسعه بالینی
- مرکز تحقیقات حیوانات آزمایشگاهی
معاونت ها:
- معاونت تحقیقات و فناوری
- معاونت آموزشی
- معاونت درمان
- معاونت پشتیبانی
- معاونت بهداشتی
- معاونت غذا و دارو
- معاونت دانشجویی و فرهنگی
بیمارستان ها:
- بیمارستان علی بن ابی طالب
- بیمارستان خاتم انبیا
- بیمارستان چشم پزشکی الزهرا
- بیمارستان روانپزشکی بهاران زاهدان
- بیمارستان تخصصی اطفال حضرت علی
- بیمارستان رازی سراوان
-...