پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران و در اجرای سیاست تعمیم و گسترش دانشگاه ها، هیئت تخصصی پزشکی اعزامی وزارت فرهنگ و آموزش عالی به منطقه مازندران شهر بابل موافقت خود را به ایجاد مرکز علوم پزشکی در این شهر اعلام کرد. با تلاش مسئولان و مردم متدین و ایثارگر بابل با تمام امکانات خود از بذل سرمایه های مادی و معنوی و با تلاش شبانه روزی و بی وقفه راه اندازی دانشکده را تسریع نمودند تا سرانجام در سال 1362 دانشگاه تاسیس شد. پس از تلاش گسترده در تاریخ 22 بهمن سال 1364 اولین دوره دانشجوی پزشکی به تعداد 50 نفر از طریق آزمون سراسری پذیرش شده و دانشکده با حضور وزیر فرهنگ و آموزش عالی وقت عملاٌ کار خود را آغاز نمود.
با تصویب قانون تشکیل وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی و انتزاع دانشکده های گروه پزشکی از وزرات فرهنگ و آموزش عالی و الحاق به وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی سازمان مرکزی دانشگاه علوم پزشکی مازندران در محوطه دانشگاه استقرار یافت. پس از چند سال سازمان مرکزی به ساری منتقل شد و بعداز پیگیریهای متعدد دو دانشگاه علوم پزشکی بابل و علوم پزشکی مازندران بصورت مستقل به فعالیت خودشان ادامه دادند.
در حال حاضر دانشگاه علوم پزشکی با مساحت در حدود 400000 مترمربع دارای پنج دانشکده (پزشکی ، پيراپزشكي ، پرستاری و مامایی آمل و پرستاری و مامایی رامسر) و گروه پرستاری و مامایی بابل و هفت بیمارستان آموزشی درمانی ، 281 اعضای هیات علمی و بیش از 2200 دانشجو می باشد.
معاونت ها:
- معاونت آموزشی
- معاونت فرهنگی دانشجویی
- معاونت تحقیقات و فناوری
- معاونت درمان
- معاونت دارو و غذا
- معاونت توسعه و مدیریت منابع انسانی
- معاونت بهداشتی
مرکز آموزشی درمانی:
- مرکز آموزشی درمانی شهید یحیی نژاد
- مرکز آموزشی درمانی شهید بهشتی
- مرکز آموزشی درمانی آیت اله روحانی
- مرکز آموزشی درمانی کودکان امیرکلا
- مرکز آموزشی درمانی شهید رجایی بابلسر
- مرکز ناباروری و باروری فاطمه الزهرا(س)
- مرکز آموزشی درمانی 17 شهریور